小儿抽动症和小儿癫痫是两种不同的疾病，从症状和脑电图就可以区别。
小儿癫痫是大脑神经元异常放电的一种慢性疾病，大脑皮层受到抑制，会出现短暂的意识丧失，通常癫痫发作时，患者大声叫喊，然后意识丧失倒地，症状比较刻板，会出发愣、全身抽搐等症状，而抽动症发作时意识清楚，表现为某一个肌肉群、肢体或头面部的不自主抽动。
小儿抽动症与小儿癫痫有着相似的地方，都是神经系统疾病也有发作性的方式，一般可以通过脑电图来区分，抽动症患者的脑电图多数正常，而小儿癫痫的脑电图都显示不正常。