脊索瘤和脊髓瘤区别在于范围不同、起源不同、发生部位不同、性质及预后不同：
第一，脊髓瘤的范围较广泛，包括了脊柱脊索瘤，但不包括颅内脊索瘤。
第二，脊索瘤为起源于胚胎残留的脊索细胞，而脊髓瘤则根据不同性质的肿瘤，起源于各个不相同组织。
第三，脊索瘤为恶性肿瘤，往往以破坏周围的骨质及组织的方式生长。脊髓瘤中胶质瘤、室管膜瘤、脊索瘤也为恶性肿瘤，而神经鞘瘤、脊膜瘤、脂肪瘤等为良性肿瘤。
第四，脊索瘤以手术切除辅助放射治疗，预后不佳。脊髓瘤的治疗需根据肿瘤的性质、大小、位置决定不同的治疗方式，预后的差异较大。