由于B超以及CT的广泛应用，以及体检人群的逐渐普及，单纯性肾囊肿的发现率明显增加，肾囊肿常常是因为体检或者在其他检查过程中偶尔被发现，所以大多数单纯性肾囊肿是没有明显症状的。
一般如果直径达到10厘米以上才会引起患者出现症状，主要的症状为侧腹部或者背部的疼痛感。当出现并发症时症状更加明显，比如肾囊肿内大量出血可以使囊壁突然扩张、包膜受压或牵拉、可以发生剧烈腰痛。如果合并有感染时，除了有疼痛以外，还会出现发烧以及全身肌肉酸痛，也会出现恶心、呕吐。
肾囊肿一般不会引起血尿，偶尔较大的肾囊肿如果压迫肾实质，也可以导致患者出现血压升高。