囊尾蚴病对人体的危害会累及全身多个系统，主要包括脑部、眼部和皮下肌肉组织。
对于脑囊尾蚴病患者，临床症状不一，如果累及脑室或者是颅底部，患者病情比较严重。当患者出现脑实质囊尾蚴病，囊尾蚴阻塞脑室孔，患者会出现颅高压升高，而发生小脑、扁桃体疝而危及生命。
对于眼囊尾蚴病，可以发生于眼部的任何位置，为单侧感染多见，患者可以出现视力下降、虹膜炎、角膜炎，严重时可以导致失明。患者如果出现皮下肌肉囊尾蚴病，主要出现皮下肌肉的结节，少数患者可以出现假性肌肥大。