因为发作时，心房进行快速的收缩，但心房收缩力减弱，就使得心房血液不能有效地射入到心室里去，若不及时终止房扑，就会造成心房血液淤积，就容易有心房附壁血栓形成的风险。
当房扑发作合并有心房血栓时是很危险的，心房血栓脱落有引起脑血栓栓塞、四肢动脉栓塞等情况，可诱发脑卒中、昏迷、偏瘫、肢体运动障碍等严重并发症。所以一旦房扑发作，应该尽快治疗，最有效的办法是直流电复律，还可应用β受体阻滞剂或者钙通道阻滞剂、胺碘酮等转复心律。若药物治疗无效，或者引起严重心脏血流动力学紊乱时，可采用导管消融术根治房扑。
此外，对于持续性房扑发作的患者，还应该进行抗凝治疗，预防血栓栓塞。