对于吞咽困难的治疗主要是病因治疗。
例如由反流性食道炎引起的吞咽困难，可以通过给予抑制胃酸分泌，以及促进胃肠蠕动的药物治疗，如雷贝拉唑和莫沙必利等。由食道癌引起的吞咽困难，则需根据病情选择手术以及放化疗等治疗方式。由急性扁桃体炎引起的吞咽困难，给予抗感染治疗以后症状即可明显缓解。
由贲门失弛缓症引起的吞咽困难，通常需要手术治疗。脑血管疾病，如脑血栓、脑出血等引起的吞咽困难，通常没有特效的治疗方式。在积极治疗原发病的同时，为防止误吸可给予不易松散、质地均匀的食物。