由于桥本氏甲状腺炎是自身免疫性疾病，所以在治疗上有一定的难度。桥本氏甲状腺炎在发病初期，一般都有甲亢的症状，如果症状明显，可以服用相关药物来对症治疗，比较常见的症状，比如心慌，可以服用普萘洛尔等药物来降低心率，从而改善症状。
在疾病后期阶段通常会有甲状腺功能减退，这时候可以在医生的指导下适当服用左甲状腺素片来补充机体所需要的甲状腺激素。对于那些桥本氏甲状腺炎合并甲状腺结节患者来说，一定要明确结节的性质，来确定是否需要行手术治疗。