母乳宝宝消化不良的症状主要是肠鸣音较大，经常性地发出咕噜咕噜的声音。
另外，还会造成宝宝口臭，尤其是早上起床之后口臭剧烈，一般多为酸腐味的气味。同时，母乳宝宝消化不良还会伴随着腹痛腹泻和呕奶吃奶量下降的临床症状。还有，大便次数下降，排便减少和大便多有酸腐味臭味也都是母乳宝宝消化不良的临床症状。
一般都是由于宝宝身体尚未发育完全，消化系统不够成熟所造成的生理性现象。在日常生活中，可通过少食多餐和服用益生菌等药物，缓解母乳宝宝消化不良的症状。