胎儿多囊肾合并马蹄肾考虑是两种原因引起的：
第一种原因，患者可能是出现了遗传性的疾病。遗传性疾病是因为出现了染色体的缺陷，染色体缺陷就会导致器官的发育出现异常。多囊肾就是一种常染色体显性遗传，此病会在患者的每一代亲属中出现。多囊肾合并马蹄形肾也有可能是同时出现的。
第二种原因，马蹄形肾可能是单独的一种表现。马蹄形肾是肾脏畸形的表现，可能在合并多囊肾的同时出现了肾脏发育的异常，肾脏在发育过程中出现了融合，导致患者表现为马蹄形肾。