月经不调在治疗期间同房可能会怀孕。月经不调时也会偶尔正常的排卵，如果输卵管通畅，还是有可能会怀孕的。
引起月经不调的原因很多，最常见的是内分泌异常引起的，如黄体功能不足、多囊卵巢综合症、早发性卵巢功能不全、甲状腺功能异常、高泌乳素血症等疾病，都会导致排卵障碍，引起月经不调。
月经不调治疗期间，如果有意外排卵的情况，同房不避孕有可能会怀孕。月经不调治疗期间同房最好避好孕，以免治疗的药物对胎儿有伤害，导致胚胎发育不好或者是胎儿畸形。