先天性肌性斜颈和先天性骨性斜颈的区别，主要是所侵犯的部位不同。
先天性肌性斜颈，所产生病变的部位是胸锁乳突肌，所以才被称为是肌性斜颈。主要的病变部位也是某一条胸锁乳突肌，在受到相应的损伤之后，这条肌肉会变硬、挛缩，并且会变短，所以，会引发双侧的不对称，使其中一侧的病变下颌偏向健侧。
而先天性骨性斜颈，其侵犯的部位是颈椎的骨头。当颈椎由于发育不良或者是某种损伤之后，导致骨头发育偏斜最终形成先天骨性斜颈，所以，这两者的主要区别，就在于病变的组织是不同的。