遗传性耳瘘的治疗，可以通过随诊观察、局部涂抹药物、口服药物以及手术的方式来处理。如果遗传性的耳瘘并没有明显的临床症状，没有出现炎症的感染，不需要特殊治疗，可以进行随诊观察。
但如果出现了较为轻微的炎症感染，可以局部涂抹碘伏进行杀菌的治疗，也可以口服头孢或青霉素等抗生素类药物来进行抗炎治疗。
药物治疗效果无效时，或者是炎症感染比较严重、反复发生，则建议患者尽快选择手术治疗，对耳前的瘘管进行彻底的摘除手术。