胸腺瘤的预后超过95%的胸腺瘤可以手术，手术的完全切除率达90%以上，术后复发率仅为7.85%年生存率达到94%。
影响胸腺瘤术后复发和总生存的最主要的因素，主要在于分析和wa ho的分型以及手术切除的程度。
此外肿瘤大小是否合并重症肌无力，以及纯红细胞再生障碍性贫血和年龄等其他因素，对预后也有一定的影响。任何级别的胸腺瘤都有术后复发的可能，胸部ct应该做每年一次，大约10%的胸腺瘤患者会在诊断后十年内，第二次原发肿瘤。但各类胸腺瘤间，无明显的差异。通过研究表现，不伴有重症肌无力的胸腺瘤发生肿瘤的发病率显著高于伴有重症肌无力者。