首先发生在十二指肠的结核相对少见，肠结核主要发生在淋巴组织丰富的回盲部。
肠结核的临床表现有腹痛、腹胀、腹泻或便秘、腹部包块，还有结核引起的全身中毒症状，如低热、盗汗、乏力、消瘦等，因十二指肠位置较高，可能还会出现高位消化道梗阻的症状，如呕吐等。
十二指肠结核的危害主要在于结核引起的并发症，如结核形成的溃疡增殖及瘢痕会导致肠腔狭窄，出现肠梗阻的症状，会出现恶心、呕吐、腹痛。梗阻持久不缓解，还可能出现肠穿孔，进而出现腹腔脓肿、腹腔感染，严重时危及生命。
还有一些危害，如瘘管的形成，很难自愈，可导致严重的营养不良。
十二指肠结核引起的肠出血相对少见。