表层巩膜炎有可能是局部感染引起，或者是组织或微生物蛋白的变态反应引起。另外，女性月经期或者是月经前后激素水平的变化也可以引起。主要是自身的免疫反应炎症引起，当自身免疫系统紊乱后形成炎症，炎症反应就可导致巩膜部位的损伤，就能引起表层巩膜炎。
常见病因有外源性和内源性感染。外源性感染一般少见，可以是细菌感染、病毒感染，以及真菌感染，侵犯到结膜进行感染，继而出现表层巩膜炎。
内源性多为化脓性细菌感染，化脓性炎症可侵犯身体各个组织，侵袭到眼部后就可出现表层巩膜炎。无论何种原因引起的表层巩膜炎，经过及时治疗，大多数愈合都会很好，而且不会留有后遗症。