原发性肝癌有很多种分期方法，在临床上最常用的是国际抗癌联盟的肝癌TNM分期方法。
其中T指的是原发性肝癌的癌症病灶，N指的是局部淋巴结的转移，M指的是远处器官的转移。而T又根据癌症病灶的大小和对周围组织的侵犯情况分成T1、T2、T3、T4，没有淋巴结转移的叫做N0，有局部淋巴结转移的叫做N1，没有远处转移的叫做M0，有远处转移的叫做M1。
综合分析原发性肝癌的TNM的情况来对病人进行一个详细的分期，可以将原发性肝癌分成一、二、三、四共四个分期。