脓毒症和菌血症在临床上是有区别的。
虽然二者都是因为病原菌侵入到人体的血液之中，但是细菌不在血液中进行繁殖的就是菌血症，而不仅侵入了人体的血液中，还在血液中进行大量繁殖、释放毒素、并且不断随着血液扩散，引起全身出现化脓病灶的是脓毒症。
菌血症往往是在进行血液检查的时候发现细菌，一般情况下并没有出现全身的中毒症状，而脓毒症则使患者表现出一些全身性炎症反应，常常导致患者出现发热、呼吸加快、心率加快、肝脾肿大、头痛、头晕、等多系统的重感染。