枕部神经痛如果考虑是原发性的神经痛，主要是应用一些对症的药物，一般首选马西平、奥卡西平、苯妥英钠，必要时也可以口服普瑞巴林可能会使疼痛缓解。如果药物治疗效果欠佳、症状频繁发作，疼痛严重时也可以进行射频消融或者局部神经封闭治疗。
如果考虑是继发性的枕部神经痛，可见于颈椎病也可以见于后颅的肿瘤。如果是颈椎病引起时，可以进行颈部肌肉按摩、牵引，严重时可以考虑手术治疗。
如果考虑是后颅的肿瘤，包括良性肿瘤和恶性肿瘤，良性肿瘤以手术治疗为主，恶性肿瘤手术治疗后同时可以进行放疗等。