深呼吸肚子痛主要考虑到是疾病原因导致，类似于岔气、胆囊炎等疾病。
首先，当患者胆囊出现炎症时，一旦深呼吸就会对胆囊造成一定的刺激，从而引发疼痛感，疼痛感通常发生在患者的上腹部。腹部岔气一般由于胸部的痉挛所造成，这种疼痛一般是游走性，甚至可以牵扯到周围。可以进行反复深呼吸运动，也可采用热敷、针灸等中医治疗。
另外，胃溃疡的患者也会出现深呼吸时肚子痛，因为患者在深呼吸时胃内会进入一定的冷空气，对溃疡面造成一定的刺激，就会引起局部疼痛。