小孩起了鹅口疮，主要是应用药物进行治疗。如果症状比较轻微，可使用鱼肝油和制霉菌素混合调匀后涂抹于患处，有利于促进鹅口疮恢复。如果是母乳喂养的小婴儿，通常会选择在乳头上涂抹弱碱性溶液或抗真菌的软膏。
如果症状比较严重，可口服并外涂抗真菌的药物予以治疗，比如克霉唑、制霉菌素等。同时也可配合给孩子补充维生素C和维生素B，都有利于鹅口疮恢复。
在治疗康复期间应注意保持孩子口腔卫生，同时需要经常对孩子的玩具、奶瓶、奶嘴等生活用品进行消毒处理。