早上起来两只脚疼，应当先明确病因，然后进行相应的治疗。
如果两只脚疼痛是由于白天过度劳累所引起，通常不需要特殊治疗。可以对两只脚部位进行手法按摩或者是使用热水泡脚，通常在1~2天左右，疼痛的症状会逐渐减轻或消失。在疼痛比较严重时，可以暂时使用非处方类抗炎止痛药治疗，比如布洛芬、美洛昔康。
如果存在痛风性关节炎，也可能会导致早上起来两只脚疼痛。在急性发作时可以使用秋水仙碱进行治疗，在恢复期可以使用降低尿酸的药物配合治疗，比如别嘌呤醇、非布司他等。