目前临床上对肝癌做出临床诊断时，可以依据甲胎蛋白的数值。
一般根据原发性肝癌的诊断标准规定，如果甲胎蛋白数值超过200ng/ml，并且持续八周的时间。或者是指标超过400ng/ml，持续四周的时间。并且，临床上能够排除慢性活动性乙型肝炎、生殖细胞恶性肿瘤等能够引起的甲胎蛋白升高的疾病。并且，结合肝脏占位的磁共振等阳性检查结果，则可以确定患有原发性肝癌这种疾病。
然后进一步做影像学检查，明确分期给予治疗。