横纹肌溶解综合征发病后，如果不及时治疗，是有可能会遗留有后遗症的。
首先，本病会导致肌肉无力、肌肉疼痛、全身乏力、发热等症状。如果不及时治疗，会出现严重的肌肉溶解正常的，最终会遗留有严重的后遗症。主要为肌肉无力、肌肉萎缩等，会严重影响日常生活工作。
其次，是急性肾功能衰竭，肌溶解症发病后患者会出现腰部疼痛、发热、血尿等症状。病情严重的会出现少尿、无尿、急性肾功能衰竭。有的患者需要长期的透析治疗。如果病情进行性加重会导致多脏器功能衰竭，甚至可危及生命。
发病后治疗的关键是早发现、早诊断、早治疗，避免病情加重。