补中益气丸是一种中药制剂，相对副作用较小，本品的说明书中副作用，及不良反应标注为尚不明确。
但是，也有个别患者，因个体差异，在服用本品后有可能会出现头晕、皮疹等一些过敏及不良反应，有此情况者需要立即停药，不过因中成药的副作用小，所以即使出现的一些不良反应，大多并不需要治疗，在停止服用药物之后，这些症状即可以得到改善。
如果用药后出现明显不适，需要及时就医检查，补中益气丸服用期间，要注意忌食不易消化的食物，还有感冒期间不能服用。