治疗腮腺炎的药物需要根据腮腺炎不同类型来选择不同的治疗药物。流行性腮腺炎是由病毒引起的，发病急，有时会伴有双侧腮腺红、肿、热、痛的症状，患者也可能出现发烧的现象。
流行性腮腺炎需要抗病毒治疗，预防合并症需要抗感染对症治疗，可以通过口服一些抗病毒类抗生素类药物进行治疗，主要药物为利巴韦林、蒲地蓝口服液等。
如果有发热的现象，可服用芬必得进行退热。另外，流行性腮腺炎有传染性，需要隔离治疗。化脓性腮腺炎由细菌感染引起，需要抗感染对症治疗。