前列腺囊肿的诊断需要结合病史、临床表现、影像学检查及前列腺穿刺活检等多方面的因素。
先天性前列腺囊肿从病史上无法判断，但是后天性前列腺囊肿一般存在前列腺增生、前列腺结石、前列腺炎等病因。临床表现主要为尿频、尿急及排尿困难，压迫直肠时可出现排尿困难。
初始的检查以泌尿系彩超为主，可发现前列腺内的低回声区，CT和磁共振检查更有利于判断囊肿的位置。必要时可加行膀胱镜检查，能够更直观的观察前列腺里的囊性结构。但是前列腺穿刺活检才是最终确诊的手段。