大多数直肠锯齿状腺瘤的病人，可以通过内镜下的手术治疗进行切除。通过内镜切除的组织一定要常规送病理学检查，以便及早发现是否有腺瘤癌变的情况发生。
对于病理回报直肠锯齿状腺瘤发生恶变的情况，需要进一步进行直肠癌的根治性切除手术。在手术切除病变直肠的同时，还需要进一步进行周围淋巴结的清扫手术。
即使病理回报结果是一个良性的肿瘤，仍然应该在内镜切除之后，进行定期复查，以便及早发现直肠锯齿状腺瘤复发的现象。并且可以再次进行内镜下的切除手术。