表皮囊肿好发于皮疹分泌旺盛的部位，局部皮脂腺分泌的皮脂排出受阻形成。一般没有很好的药物治疗，如果局部合并细菌感染，出现红肿热痛等临床表现，可以使用药物抗感染治疗，一般可以口服头孢菌素、大环内酯类抗生素、四环素类药物治疗，局部可以外用夫西地酸乳膏、莫匹罗星乳膏。
炎症消退后，一般建议手术切除治疗，切下的组织送病理检查。手术后一周内切口不要沾水，以免感染。较小的囊肿可以不处理，不影响健康。