肛门湿疹的诊断主要是从症状和肛周皮肤的外观上来做出判断。肛门湿疹最显著的症状就是肛门皮肤瘙痒，瘙痒的程度很严重，有的湿疹没有明显的皮肤改变，但是瘙痒却非常明显。
肛门湿疹的另外一个重要的诊断依据就是皮肤的改变。一般会分为两种情况，一种是慢性湿疹，它存在的病程一般较长，查体会发现肛门皮肤粗糙、苔藓样增厚。
另外一种就是急性的肛周湿疹，急性湿疹的起病时间较短，肛门皮肤可有片状皮疹样隆起，可能会伴有破溃、流液。