肠镜检查准确度极高，截止目前还没有任何检查可以完全替代肠镜，肠镜的原理是让肠镜通过肛门进入直肠，最后到大肠，以便医生可以观察到患者的回肠末端和结肠，以及直肠的内部情况。
但若仅仅检查肠腔内肠黏膜的情况，胶囊内镜、CT检查或者消化道钡餐亦或者肛门指诊也可以达到目标效果。
但肠镜具有的诸多功能是它们不具备的，例如及时发现肠道病变，肠镜还可以准确感知细小的溃疡，以及息肉并对其进行切除处理，从而减少手术的必要。