一、早期症状 肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症。因此，一般有肛管直肠周围感染或脓肿病史。初期症状由引起脓肿的原因的不同而有不同的特点。但多数都存在肛门周围发红肿胀、疼痛、食欲差、大便秘结、坐卧不宁等。
二、 反复脓性分泌物的排出 不断排出脓性分泌物是肛瘘最常见的症状。排出脓性分泌物的多少，根据瘘道形成的时间，瘘道的长短以及内口大小不同而异。新生成的瘘管排出的分泌物较多，脓液粘稠、黄色、味臭。用力排便时，有时可有气体甚至是粪便从外口排出。时间长久的肛瘘，分泌物较少或时有时无，分泌物白色，稀淡如水。有时瘘口暂时封闭，不排脓液，可出现局部的肿痛，体温上升。以后封闭的瘘管破溃又排出脓性分泌物，如此反复将延长病程，加重病变。
三、疼痛 瘘管通畅无炎症，常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。如果外口封闭，瘘管存积脓液或内口较大，粪便流入瘘管，则有疼痛，排便时加重。
四、瘙痒 肛门部皮肤由于肛瘘的分泌物刺激，常感觉瘙痒。肛管周围皮肤变色，表皮脱落，纤维组织增生和增厚。