支气管囊腺瘤在临床上并不多见，通常都需要进行手术治疗。
手术以后的后遗症要根据肿瘤的发展情况以及手术的方式等进行具体的区分，常见的后遗症有手术后由于对机体的创伤，尤其对呼吸系统的影响，病人会出现乏力、呼吸急促，轻度的呼吸困难等症状，在活动后加重。病人体质下降、耐受性降低。
如果术后进行放化疗还会出现放化疗的一系列副作用，比如脱发、恶心、呕吐等严重的副反应。支气管囊腺瘤进行手术治疗是必要的方式，即使存在术后的后遗症，但对于挽救生命而言也是应该承担的风险。