附件有囊肿并不一定都会影响怀孕，要看囊肿的具体性质。
卵巢囊肿有不同的性质，比较常见的一方面，是卵巢的生理性囊肿，也就是卵巢在排卵以后所形成的黄体囊肿。黄体囊肿一般发生在月经中期排卵之后，而在月经结束以后，大多数的生理性囊肿就会自行的消失，这样的囊肿是不会影响怀孕的。而卵巢如果患有炎性囊肿或者患有子宫内膜异位囊肿，也就是卵巢巧克力囊肿，则是有可能会影响怀孕的。
炎性囊肿是盆腔炎的一种表现，由于盆腔炎症渗出物会造成周围组织的粘连，引起输卵管和卵巢包裹，形成卵巢的炎性囊肿。输卵管受到炎性的组织物渗出引起粘连、梗阻，会影响女性受孕。卵巢子宫内膜异位囊肿也会由于子宫内膜异位病灶造成盆腔组织粘连，引起输卵管梗阻，从而影响怀孕。