艾森曼格综合征是一类疾病最终状态的统称，主要是本身左向右分流。得不到及时的救治而变成又向左的分流，已经丧失了手术的时机。所以艾森曼格综合征的病人，都要以药物的保守治疗为主。
根据不同的症状采取不同的治疗方案。 比如患者有低氧血症，那么要定期的给予吸氧，降肺压、强心等治疗。如果患者还有其他的症状要通过辅助实验室的检查，确定病情的严重程度，根据病情的不同来确定，不同的治疗方案，尽最大可能的延长患者的寿命。