孕酮主要是由卵巢的黄体分泌而来，孕酮水平的高低是受促黄体生成素的调节，如机体本身卵巢功能不全，就容易引起孕酮水平的不足。
但是甲状腺激素和肾上腺皮质激素对孕酮也有一定的调节作用。当甲状腺激素不足时，或者是肾上腺皮质激素减低时，都可导致血中孕酮水平下降，使患者在妊娠以后容易发生流产、早产。
甲状腺激素水平偏低，一般首先表现为促甲状腺激素水平的升高，这是因为促甲状腺激素比甲状腺激素更为敏感，首先反应，所以促甲状腺激素水平偏高。尽管甲状腺激素水平在正常范围内，也容易导致孕酮水平的下降，出现月经紊乱。