颅底凹陷症是以枕骨大孔为中心的颅底骨组织关节出现畸形，骨质进入进入枕骨大孔，使枕骨大孔狭窄，后颅窝变小，从而压迫延髓、小脑及牵拉神经根产生一系列症状，同时可有椎动脉受压出现供血不足的表现。
颅底凹陷常导致颅后窝和上颈部椎管有效空间缩小，故治疗的目的在于给予足够空间进行减压术。对于偶然发现的无症状者，一般不需要治疗，应嘱患者防止头颈部外伤及过度剧烈的头部屈伸，颈椎按摩术可加重病情，应为禁忌。
对症状轻微而病情稳定者，可以随访观察，一旦出现进行性加重，应手术治疗。