一般肾囊肿直径超过5厘米以上就考虑进行手术治疗，如果直径小于5厘米以下，一般不需要特殊处理，只需要动态观察即可。也有一部分患者囊肿直径超过5厘米但是没有症状，也不需要马上进行手术治疗。只有囊肿逐渐增大，造成肾脏压迫或者合并有感染等，就需要进行手术治疗。
对于比较大的囊肿，通常行囊肿穿刺抽液硬化治疗或者囊肿去顶减压术，前者的缺点是容易复发。
另外，肾囊肿如果发生癌变的时候，也需要及时进行手术治疗，术后要及时将标本进行病理检查，可以进一步明确诊断，但是肾囊肿本身是一个良性占位病变。