继发性闭经的危害首先就是会因此而造成不孕症，继发性闭经也是属于内分泌失调。
比如有的人会是卵巢功能下降有关的，或者也有的人有多囊卵巢综合征，或者有的有胰岛素抵抗等等疾病，也常常会因此而存在糖脂代谢异常、骨质疏松等等方面的问题。相应地发生子宫内膜病变，或者是发生心脑血管系统疾病的几率，发生骨质疏松等等的几率都会增高。
所以继发性闭经患者也是应该尽早地做检查，排除是怀孕导致的闭经，也是要做B超看子宫内膜厚度，看盆腔、宫腔的情况，有的需要先催经治疗，然后抽血检查。