关于腰痛-血尿综合征的发病机制，目前并不是非常清楚，部分原因考虑是由于影响肾内血管的疾病所导致。
腰痛-血尿综合征的患者大多是年轻的人，主要的症状就是腰痛。开始是一侧腰痛，而且疼痛非常厉害，甚至有需要切除这侧肾脏的愿望，也有些人从一侧腰痛变成双侧腰痛，腰痛的同时向下腹部及会阴部的放射，持续疼痛的时间约数小时和数天不等。
不伴有尿频、尿急、尿痛、发热，无恶心、呕吐，血尿也是腰痛-血尿综合征的另一个常见的症状，大多数为镜下血尿，也有少数为肉眼血尿。除此以外，患者表现有焦虑、烦躁、焦灼、内疚，希望得到关心爱护。