颅底凹陷症会使患者的头颈部位出现偏斜以及颈部短、粗，面颊以及耳廓不对称，通常还伴有活动受限、头痛、耳鸣、呕吐、视力模糊等症状。
随着病情的加重，患者还会出现下肢无力、感觉障碍、肢体麻木、呼吸困难等症状。如果不进行相关的治疗，还有可能会引起脑积水、骨软化症、佝偻病、类风湿性关节炎等并发症。
对于轻度的颅底凹陷症，可通过牵引疗法予以治疗，能够有效地改善神经所受到的压迫。如果牵引疗法没有效果，症状持续加重，应考虑进行手术治疗，比如侧入路减压术、枕颈融合术等。