肛门异位手术后恢复的时间，与畸形的程度，以及术式的选择有直接的关系。
肛门异位属于一种常见的消化道畸形，发病与孕期接触有害化学物质，及病毒感染等因素有一定的关系。根据不同孕周的发病，其畸形的类型和程度也是有明显不同。最常见的是肛门异位于骶部以及阴囊部，多数患者并不伴有排便的障碍，一般不需要手术治疗。
如果引起大便失禁，或者排便困难时，需要行手术治疗。仅仅行肛门松解术，术后大约十天左右即可痊愈。如果行肛门及括约肌的成形术，大约需要一个月左右才能完全恢复。有的患者还需要多次手术治疗。