卵巢的巧克力囊肿是子宫内膜异位症导致的。主要的原因有可能是经血的倒流，月经血当中由于含有大量的子宫内膜，如果倒流到腹腔，在卵巢生长，就有可能会造成巧克力的囊肿，也有可能是卵巢细胞本身的基因突变造成的。
所以，出现卵巢的巧克力囊肿，如果小的可以暂时地观察。但是，如果出现不孕症，并且巧克力囊肿比较大，是需要做手术治疗的。
因为巧克力囊肿对卵巢能够出现破坏，也就是它会影响卵巢的功能，时间长了还会造成盆腔粘连，对以后的怀孕影响是非常明显的，并且还会表现为严重的痛经。