甲减患者智商的高低，与甲减出现的时间有很大的关系，而且与甲状腺功能减退症的程度，也有很大的关系。
如果甲减发生在胎儿时期或婴儿时期，就出现了甲状腺功能减退症，这时多为先天性甲状腺激素合成分泌不足。容易造成患者智力下降、身材矮小，通常称之为呆小症。患者出现食欲不振、怕冷、皮肤粗糙、身材矮小，智力较同龄的孩子也会低得很多。
但是，如果是在婴幼儿时期是正常的。只是成年以后出现了甲状腺功能减退症，这时对智力的影响就不太明显了，患者主要出现低代谢症候群的症状。所以一般来说，甲状腺功能减退症的患者，如果能够做到早期诊断、早期治疗，一般来说对智力的影响就不是很大。