男性患者发生龟头疱疹时，需要从抗病毒治疗、预防及治疗并发症几方面进行同步治疗。
首先，龟头疱疹通常是由于疱疹病毒感染龟头所引起，所以需要积极予以抗病毒治疗，可口服阿昔洛韦，也可以静脉滴注利巴韦林等抗病毒药物。
其次，龟头疱疹患者龟头上的水疱可大可小，可能会发生破裂，这时就可能会发生龟头皮肤的细菌感染。所以疱疹一旦出现破溃，需要立即对破溃部位清洁消毒处理，预防感染的发生。如果已经发生继发性感染，可予以莫匹罗星软膏涂抹局部消炎治疗。
再有，患者需要避免进食辛辣、刺激的食物，并禁止进行性生活，直至疾病痊愈。