婴儿发烧39℃，说明体温处于高热状态。由于婴儿免疫力较差，需要尽快采取退热治疗，以免引发高热惊厥等严重后果。
首先到医院就诊，如果是由于细菌性感染引起，需要合理应用抗生素治疗，比如头孢类药物。其次，还要对症应用一些退热药物，比如对乙酰氨基酚。除药物治疗外也可以使用温水擦拭婴儿的额头、颈部、腹股沟等。
如果是病毒性感染引起的发烧，可以应用干扰素雾化吸入治疗，也可以选择奥司他韦等抗病毒药物。若是母乳喂养的婴儿，患病期间母亲要保持低盐、低脂饮食，有助于婴儿康复。