面肌痉挛手术会有后遗症的。一般情况下，面肌痉挛多采取面神经微血管减压手术治疗，尽管通常情况下极少发生后遗症，但亦有可能发生以下的一些后遗症状：
1.最为常见的是因为术中对听神经及周围血管的损伤，可能发生听力减退、耳鸣等症状。
2.因手术过程中可能对面神经骚扰、术后发生了颅内感染及病毒感染等，引起短暂性或永久性的面瘫发生，出现口角歪斜、闭眼不能等。
3.其他的后遗症可能包括伤口愈合不佳而引起脑脊液漏，或因术中操作不当引发后组颅神经受到牵拉、损伤，而出现发声变哑、饮水呛咳等后遗症的发生。