肛内有尖锐湿疣，可以选择使用常规的治疗尖锐湿疣的外用药物，比如咪喹莫特乳膏或鬼臼毒素酊等。
不过由于肛内的尖锐湿疣，有时候位置会比较深，涂药的时候可能会不太方便，而且这一类药物通常会有一定的腐蚀性，所以外用药物治疗不是最好的治疗方法。
患者通常可以选择去医院进行激光烧掉，一次性将疣体清除，然后再选择外用干扰素凝胶预防复发，干扰素对于皮肤没有太大的刺激性，接下来再使用提高免疫的药物，如胸腺肽或者转移因子。