男性阴茎疼痛处理的方法要看疼痛的具体位置和疼痛的原因。如果疼痛的位置在包皮龟头部位，而且局部有红肿、渗出，局部分泌物较多，这就要考虑龟头包皮炎，可以使用复方黄柏涂剂外洗，然后使用红霉素软膏或者百多邦软膏外用。
如果阴茎疼痛的部位在阴茎海绵体部位，就要检查看看是否有阴茎硬结症，早期的阴茎硬结症可以口服维生素E等药物进行保守治疗，待病情稳定可以考虑手术切除。如果阴茎部位疼痛是尿道内炎症所导致，就需要口服抗生素抗感染治疗。如果阴茎疼痛是慢性前列腺炎所导致的，往往疼痛并不剧烈，只要针对前列腺炎治疗即可。
最后，如果有尿路结石也可以出现阴茎放射性疼痛，只要针对尿路结石治疗即可以缓解阴茎疼痛。