肉芽肿性乳腺炎一般不会自愈，通常都需要积极的治疗以后才能治愈。本病的发生局限于乳腺小叶，发病率相对比较低，其病因学并不明确，在治疗上通常会有较大的困难，如果治疗不当，容易出现病情的反复。
对于激素敏感型的肉芽肿性小叶性乳腺炎，可以适当的给予甲泼尼龙等激素药物来进行治疗。急性期的肉芽肿性小叶性乳腺炎常合并有细菌感染，可以在获得细菌培养的结果以后，联合应用广谱的抗生素和甲硝唑等药物来进行治疗。
当药物治疗效果不理想的时候，还应当积极的给予手术治疗。