脑型疟疾是恶性疟的严重临床类型，偶尔见于间日疟。
主要表现为，剧烈的头痛、发热，常常出现不同程度的意识障碍，如谵妄、意识模糊、定向力下降，严重者出现昏迷。
患者寒战高热，能量消耗较多，加上患者进食较少，可以出现低血糖。感染的红细胞，堵塞毛细血管，造成脑组织的缺血、缺氧。脑组织缺血、缺氧、低血糖，都可以诱发头痛。
恶性疟时，大量疟原虫感染，红细胞被破坏，导致大量的血红蛋白尿，引起急性肾功能不全，造成体内电解质代谢紊乱、酸中毒，均可以诱发脑型疟疾的头痛情况。